2019年10月1日,5-羟甲基(jī)化胞嘧啶(dìng)(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿病(bìng)研(yán)究领(lǐng)域(yù)取得重要进展(zhǎn)。2型糖尿病(T2D)的(de)血(xuè)管并发症是导致(zhì)2型糖尿病致残致(zhì)死的(de)重要病因(yīn),一直缺乏一种(zhǒng)无创便捷的临床(chuáng)途径实现血(xuè)管(guǎn)并发症的发(fā)生发展监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病人的整(zhěng)体生活质量,减少卫生(shēng)经济负担。
该研究入组了62例(lì)2型糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中(zhōng)表观遗(yí)传标(biāo)志物5hmC的分(fèn)布情况进(jìn)行检测,分析5hmC标志物与2型糖(táng)尿(niào)病(bìng)血管并发症发生(shēng)发展的相关(guān)性。结果表明5hmC标(biāo)志物(wù)的变(biàn)化与T2D合并大血管/微血管事(shì)件具有相(xiàng)关性,主要涉及(jí)一些与血管生物学和糖尿病(包括胰岛素耐(nài)受和炎症反(fǎn)应)相关的基(jī)因和信号通路(lù)。该研究建立的16个基因-5hmC标志物组合检测可以准确(què)区分有(yǒu)并发症和无并发症(zhèng)的2型糖尿病病人(rén)[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统(tǒng)临(lín)床变量例(lì)如白蛋(dàn)白尿。除此之外,还建立(lì)了(le)13个基因-5hmC标志物组合检测,可以进一(yī)步区分T2D合并(bìng)单一并发症和多(duō)种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反映了T2D病人大血管/微血(xuè)管并发症(zhèng)发生过程中(zhōng)的表观遗传(chuán)变化,因而5hmC-Seal检测技(jì)术在监测(cè)糖(táng)尿病血管并发症发(fā)生和进展方面具(jù)有(yǒu)良(liáng)好的临床应用前景(jǐng)。
试验设计
本研究共纳入62例2型糖尿病病人,包(bāo)括没有血管并发症(zhèng)的病人12例(lì),有单(dān)一血管并发症的病(bìng)人(rén)34例(24例发生大血管事件,10例发(fā)生(shēng)微血(xuè)管事件),以及有(yǒu)多种(zhǒng)血管并发症的病人16例。试验(yàn)收集62例病人血(xuè)浆,提取cfDNA,利用(yòng)5hmC-Seal技术(shù)捕(bǔ)获外周(zhōu)血cfDNA中的5hmC序列(liè),进(jìn)行二代测序,通过生物信息学分析找出并发症组与无并发症组之间有显著5hmC修(xiū)饰差异的基因(yīn),单一并发症(zhèng)组和多种并发(fā)症组之间有显著5hmC修饰差(chà)异(yì)的基因。随后利用回归模型对差异基因进一(yī)步筛选(xuǎn)、优化,弹性网(wǎng)络进一步筛(shāi)选,计算加权平均分,最后得到一组(zǔ)具(jù)有高度灵敏度和特异性(xìng)的(de)5hmC生物(wù)标记物,并进一步(bù)在实验组中(zhōng)验证,分(fèn)析其灵敏度和特异性。并将新建立的5hmC标志物基(jī)因组合的检测(cè)性能(néng)与传统临床变量进行对比分(fèn)析。最(zuì)后对相关基因进行了(le)信号通路分析和功能探究。
5hmC修饰(shì)水平与血管并发症具有相关性
利用逻辑回归(guī)模(mó)型(xíng)对62例有(yǒu)并发(fā)症和无并发(fā)症2型糖尿病病人的5hmC差异(yì)水平进行分析发现,有并(bìng)发症2型糖尿病病人的622个差异修饰候选基因(包(bāo)括上调和下调基(jī)因)的归一化平均数要明(míng)显高于无(wú)并(bìng)发症的病人(P<0.001),但是单一并发(fā)症和多(duō)发并发症病人之间没有显著(zhe)差异(yì)。
之后将有单一(yī)并发(fā)症或多(duō)种并发症的50例病人用逻辑回归模型进行了(le)对(duì)比,发(fā)现多种并发症的病人的153个差(chà)异修饰候选基因(包括(kuò)上调和下调基因(yīn))的(de)归一化(huà)平均数要(yào)低于无并(bìng)发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分(fèn)有(yǒu)无并发症患者
62例2型糖尿病(bìng)病人被(bèi)随机分(fèn)成训(xùn)练(liàn)组(n=31)和测试组(zǔ)(n=31)。利用(yòng)弹性网络筛(shāi)选后发(fā)现,16基(jī)因-5hmC标(biāo)志物组(zǔ)合检测可以用于区分有(yǒu)并发(fā)症和无并发症的2型(xíng)糖尿(niào)病(bìng)病人。
基于16基因组(zǔ)合模型 (Detection Model 1) 的(de)加权(quán)平均分分析,发现无(wú)并发症病人的分数在训练集和测试集(jí)中都明显低于有并(bìng)发(fā)症的病人。只考虑加(jiā)权平(píng)均分的话,受试者工作特(tè)征(zhēng)曲线(ROC)分(fèn)析表明将(jiāng)cutoff值设置成0.5时,在测(cè)试组中(zhōng)中的灵敏度为60%,特异性(xìng)为100%。 5hmC标(biāo)志物(wù)可区分(fèn)病人是(shì)单一(yī)并发症还(hái)是(shì)多种并发症 50例有并发(fā)症(zhèng)的2型糖尿病病人被随机分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网(wǎng)络筛(shāi)选后发现(xiàn),13基(jī)因-5hmC标(biāo)志(zhì)物组合可以区(qū)分(fèn)2型糖尿病病人是(shì)否发生单一并(bìng)发症或多种并发症(zhèng)。 基于(yú)13基(jī)因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多(duō)种并(bìng)发症的加权(quán)平均分,发现在训练集和(hé)测试集中单一并发症(zhèng)和(hé)多种并发(fā)症(zhèng)病人的分数都有(yǒu)明显差异。值得一提的是,有肾病并发症和无肾病(bìng)并发症病人(rén)的分数也有(yǒu)明显(xiǎn)差(chà)异。利用(yòng)加权平均分作为判断标准的受试者工作特征曲线(ROC)表明,在测试组中当将cutoff值设成0.69时,灵(líng)敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与(yǔ)传统(tǒng)临床变量/危险因子的对比 我(wǒ)们评估了不同临床(chuáng)变(biàn)量/危险因子用于监测血管并发症的灵敏度和特(tè)异性(xìng)(见表1)。
总体来说(shuō),结果(guǒ)表明(míng)一(yī)些(xiē)临床变量(如(rú)尿(niào)液白蛋白、血清(qīng)ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白(bái)a)虽然具有一定的灵敏度和特异性,但是整体准确度(dù)仍然(rán)差强(qiáng)人意,因此临床需要更加准(zhǔn)确的方法。另外(wài),我们还在训练(liàn)组中建立5hmC和不同临床(chuáng)变量的多变量组合(hé)模型进行评估,该模(mó)型加权平(píng)均分的(de)AUC要明显大于传统(tǒng)临床变量的AUC。若(ruò)将这些临床变量与加权(quán)平(píng)均分(fèn)进行结(jié)合,AUC也将进(jìn)一步提高。因此,该多变量(liàng)模(mó)型表明加(jiā)权平均分(fèn)可作为一个独立的指标用于监测2型(xíng)糖尿病血管并发(fā)症。
信号(hào)通路分(fèn)析和功能探究 有并发(fā)症和无并发症病人的135个(gè)差异候选基因的功能(néng)注释(shì)分析(xī)表明(míng),这些基因主要富集(jí)在一些经典(diǎn)的信(xìn)号通路。错(cuò)误(wù)发现率相关(guān)P值(zhí)位(wèi)于前10%和基(jī)因数目≥3的信号通路包括(kuò)由(yóu)IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所介导的信号通路(lù)。由IGF1R和(hé)IL-10介导的信(xìn)号通路与胰岛素抵抗(kàng)及炎症反应相关,在血管生(shēng)物学和(hé)糖尿(niào)病(bìng)发生发展过程中发挥重要作用(yòng)。 Reactome相互作用(yòng)网(wǎng)络的中(zhōng)心表明(míng),泛素编(biān)码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚(yà)基核糖体蛋白(bái)融合产物1(UBA52)]是(shì)候选(xuǎn)基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的(de)重要连接者(zhě)。在这135个差异候选基因中(zhōng), 一些基因(yīn) (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病(bìng)程相关(guān)的倾向,表(biǎo)明5hmC和糖尿病(bìng)血管并(bìng)发症之间(jiān)可能存在时间依赖性的相互作用(yòng)。基于纵(zòng)向时间队列的大样(yàng)本(běn)研究,将可进一步明确5hmC变化和糖尿病持续时间之间的(de)动(dòng)态(tài)关(guān)联。关于(yú)单一(yī)并发症(zhèng)和多(duō)种并发症病(bìng)人的159个候选标志基因的功能(néng)注释(shì)研究(jiū)发(fā)现(xiàn),存在细胞-细胞连(lián)接、胶原蛋白形成、新陈代(dài)谢、细胞应激应(yīng)答(dá)信号通路的富集(jí),这些信号通(tōng)路均与细(xì)胞基本功能密切相(xiàng)关(guān)。 研究(jiū)意义(yì) 血(xuè)管并发症是三分之二糖(táng)尿病病(bìng)人的死亡原因,若能及(jí)早有效控制血管并(bìng)发症的发生,将极大地改善糖尿病病人的(de)生(shēng)存质(zhì)量。该研究建立了一(yī)种利用cfDNA进(jìn)行(háng)2型糖尿病(bìng)血(xuè)管并发症监(jiān)测的无创便捷方法,较(jiào)目前临床标志(zhì)物能更(gèng)准确地监(jiān)控(kòng)血管并发症的(de)发生,从而提示临(lín)床及早采取应对(duì)措施,有效控(kòng)制病情进展。
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