2019年10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研(yán)究(jiū)领域取得重(chóng)要进展(zhǎn)。2型糖(táng)尿病(T2D)的血管并发症是导致2型糖(táng)尿病(bìng)致残致死的重要病因,一直缺乏一种无创便(biàn)捷的临床(chuáng)途(tú)径(jìng)实现血管并发(fā)症的发生发展监测,达到早发(fā)现、早干预(yù),以提高T2D病人的整体生(shēng)活质量,减少卫生经济负担。
该研究入组了62例2型糖尿病病(bìng)人(rén),采(cǎi)用(yòng)5hmC-Seal技术对(duì)血浆(jiāng)cfDNA中表观(guān)遗传标(biāo)志物5hmC的分布(bù)情况进行检测(cè),分析5hmC标志物与(yǔ)2型(xíng)糖(táng)尿病血管并发症发生发展的相关(guān)性。结果表明5hmC标志物(wù)的变化(huà)与T2D合并(bìng)大(dà)血(xuè)管/微血管事(shì)件具有(yǒu)相(xiàng)关性,主要涉及一些与血管(guǎn)生物(wù)学和糖尿病(包括胰岛素(sù)耐受和炎症反应)相关的基因(yīn)和(hé)信号通路。该研究(jiū)建立的(de)16个基因-5hmC标志物组合检(jiǎn)测可以准确区分有并发症和无并发症的2型糖尿病病(bìng)人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于(yú)传统临床(chuáng)变量(liàng)例如白蛋白尿。除(chú)此之外,还建立了13个基因-5hmC标(biāo)志物组合检测,可以进一步区(qū)分T2D合(hé)并单一并发症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样(yàng)明显优(yōu)于其(qí)他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反映了T2D病人大(dà)血管/微(wēi)血管并发症发生(shēng)过(guò)程中的表观遗传变化,因而5hmC-Seal检测技术在(zài)监测(cè)糖尿病血管并发症发生和(hé)进展方(fāng)面具有良好的(de)临床应用前景。
试验设计
本研究(jiū)共纳入62例2型(xíng)糖尿病病人,包(bāo)括没有血(xuè)管(guǎn)并发(fā)症(zhèng)的病人12例,有单一血管并发症的病人34例(lì)(24例发生大血管事件,10例发生(shēng)微血管(guǎn)事件),以(yǐ)及有多(duō)种(zhǒng)血管并发症(zhèng)的病人16例。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序(xù)列,进(jìn)行二代测(cè)序,通过生(shēng)物信息学分析找出并发症(zhèng)组与无并发症组之(zhī)间(jiān)有显著5hmC修(xiū)饰差异(yì)的基因,单一(yī)并发症组和多种并发症组之间有显著5hmC修饰(shì)差异的基因。随(suí)后利用(yòng)回(huí)归模型对差异基因进(jìn)一步筛选、优化,弹性网络进一步筛选,计算(suàn)加(jiā)权平均分,最后得到一组具有高度灵(líng)敏度和(hé)特异性(xìng)的(de)5hmC生物标(biāo)记物(wù),并进一步在实验(yàn)组中验证,分析其灵敏度和(hé)特异(yì)性。并将(jiāng)新(xīn)建立的5hmC标(biāo)志物基(jī)因组合(hé)的检测性能与(yǔ)传统(tǒng)临床变量进行(háng)对比分析。最后对(duì)相关基(jī)因进行了信号通路分析和功能探究(jiū)。
5hmC修饰水(shuǐ)平(píng)与血管并发症具有(yǒu)相关性
利用逻辑(jí)回归模型(xíng)对62例有并发(fā)症和无并发(fā)症2型糖尿病病人的(de)5hmC差异水平进行(háng)分析发现,有并发症2型糖尿病病(bìng)人(rén)的622个差异修饰候(hòu)选(xuǎn)基(jī)因(包(bāo)括上调和(hé)下(xià)调基(jī)因(yīn))的(de)归一(yī)化平均数要明(míng)显高于无并发症的病(bìng)人(P<0.001),但是单一并发症和多发并发症病人之间没有显著(zhe)差异。
之后(hòu)将有单一并发症或(huò)多种并发(fā)症(zhèng)的50例(lì)病人用逻辑回归模型进(jìn)行了(le)对比,发现多种并发症(zhèng)的(de)病人的(de)153个差异修饰候选(xuǎn)基因(包括上调和下调基因)的(de)归(guī)一化平均数要低于无并发症病人(P<0.001)。
5hmC标(biāo)志物可区分有无并发症患者
62例2型糖尿病病人被随机分成训练组(n=31)和(hé)测试组(n=31)。利用(yòng)弹性网(wǎng)络筛(shāi)选(xuǎn)后发现(xiàn),16基(jī)因-5hmC标志物组合检测可(kě)以用于区(qū)分有并(bìng)发症和无并(bìng)发症的(de)2型糖尿病病人。
基于16基因组合模型(xíng) (Detection Model 1) 的加权平均分分析,发现无(wú)并发症病人的分数在训练集和测(cè)试(shì)集中都明显低于(yú)有并发症(zhèng)的病人(rén)。只考虑加权平均分的话,受试者工作特征曲线(ROC)分析表明将(jiāng)cutoff值设置成0.5时,在测试(shì)组(zǔ)中中的(de)灵敏(mǐn)度(dù)为(wéi)60%,特异性为(wéi)100%。 5hmC标志(zhì)物可区(qū)分病人(rén)是单一(yī)并发症还是(shì)多种(zhǒng)并发症 50例有并发症的2型糖尿病病人被随机(jī)分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利(lì)用弹(dàn)性网络筛选后发(fā)现,13基因(yīn)-5hmC标志物组合可(kě)以区分2型糖尿病病人是否发生单一并发症(zhèng)或多种并(bìng)发症。 基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多种并发症的加权平均分,发现在(zài)训(xùn)练集和测试集中单(dān)一并发症和多种并发症病人的分(fèn)数都有明显差异。值(zhí)得一提的是(shì),有肾病并发症和无肾病并发(fā)症病人的分数也有明显差异。利用(yòng)加权平均分作为判断标准的受试者工作特征曲线(ROC)表明,在测试组中当将(jiāng)cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与传统临床变量/危险因子的(de)对比 我们评估(gū)了不(bú)同临床变量(liàng)/危险因子(zǐ)用于监测(cè)血管并(bìng)发症的(de)灵(líng)敏度和(hé)特异(yì)性(见表1)。
总体来说(shuō),结果表明(míng)一些临(lín)床变量(如尿液白蛋白(bái)、血(xuè)清ALT、AST、肌酐(gān)、GGT、脂蛋(dàn)白a)虽然(rán)具有(yǒu)一(yī)定的灵(líng)敏(mǐn)度(dù)和特异性(xìng),但是整体(tǐ)准确度仍然差强人(rén)意,因此临床需要更(gèng)加准确的方法。另外,我们(men)还在训练组(zǔ)中建立5hmC和不同临床(chuáng)变量的多(duō)变量组合模型进行评估,该(gāi)模型加权平均分的AUC要明显大于传统(tǒng)临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权平均(jun1)分进行结合,AUC也将进(jìn)一步提高。因(yīn)此,该(gāi)多(duō)变量模型表明加权(quán)平均分可作为(wéi)一(yī)个(gè)独立的指标用于监测2型糖尿病血(xuè)管并(bìng)发(fā)症。
信号(hào)通路分析和功能探究(jiū) 有(yǒu)并发症和(hé)无并发症病人的135个(gè)差异候选基因的功能注释分析表(biǎo)明,这些基因主要(yào)富集在一些经典(diǎn)的信号通路。错误发现(xiàn)率相关P值位于(yú)前10%和基因数目≥3的信号通路包括(kuò)由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通(tōng)路。由IGF1R和IL-10介(jiè)导(dǎo)的信号通路与胰岛素抵抗及炎症反应相关,在血管生物学和糖(táng)尿(niào)病(bìng)发生发展过程中发挥重要作(zuò)用。 Reactome相互(hù)作用网(wǎng)络的中心(xīn)表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛(fàn)素C (UBC),泛素A-52亚(yà)基核(hé)糖体(tǐ)蛋白融合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在(zài)这(zhè)135个(gè)差异候选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关的(de)倾向,表明5hmC和糖尿病血(xuè)管并发症之间可能存在时间(jiān)依赖(lài)性的(de)相互作用(yòng)。基于纵(zòng)向时(shí)间(jiān)队列(liè)的大样本研究,将可(kě)进一步明确5hmC变化和糖(táng)尿病持(chí)续时间(jiān)之间的动态关联。关于单一并发症和多种并发(fā)症病人的159个候选标志基因的功能注(zhù)释研究发(fā)现,存在细胞-细胞连(lián)接、胶原蛋白形成、新陈代谢、细胞应激应答信号通路的富集,这些(xiē)信号通路均与(yǔ)细胞基本(běn)功能密切相关。 研究意(yì)义 血(xuè)管(guǎn)并发症是三分之二糖尿病病人的死亡原因(yīn),若能及早(zǎo)有效控制(zhì)血(xuè)管并(bìng)发症(zhèng)的发生,将极大地改善糖尿病病人的生(shēng)存质量。该研究建立了一种(zhǒng)利用cfDNA进行(háng)2型糖尿(niào)病血管并发(fā)症监测的无创(chuàng)便捷方(fāng)法,较目前临床标志物能更准确地(dì)监(jiān)控血管(guǎn)并发(fā)症的发生,从(cóng)而提示临床及早采取应对措(cuò)施,有效控制病情进(jìn)展。
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